Kijevo Mohylos kolegija įkurta 1632 m. sujungus 1615 m. įkurtą Kijevo brolijų ir 1631 m. įkurtą Kijevo stačiatikių vienuolyno mokyklas, steigėjas – Kijevo metropolitas Petro Mohyla (1596–1647 m.). 1701 m. suteiktas aukštosios mokyklos statusas. Kijevo Mohylos kolegija rengė senovės slavų, graikų ir lotynų kalbų mokytojus, dėstytojus stačiatikių dvasinėms seminarijoms, dvasininkus. XVII a. dar dėstyta lenkų kalba, gramatika, retorika, poezija, filosofija, aritmetika, geometrija, astronomija, muzika, tikyba, XVIII a. įvestos vokiečių, prancūzų ir hebrajų kalbos, istorija, geografija, architektūra, ekonomika ir medicina.

 

Akademijoje mokėsi įvairių socialinių sluoksnių jaunuoliai, prie jos steigti internatai, bursos. Turėjo biblioteką su daugiau, kaip 12 000 knygų ir rankraščių. 1742 m. buvo 1234 studentai. XVII -XVIII a. Kijevo Mohylos akademija buvo svarbus mokslo centras, joje mokėsi arba dėstė žymūs bažnyčios veikėjai, mokslininkai, poetai, pedagogai, gydytojai, menininkai. 1817 m. rugpjūčio 14 d. Sinodo nutarimu akademija buvo uždaryta, 1819 m. jos pagrindu įsteigta Kijevo dvasinė akademija. Po 1917 m. Spalio perversmo dvasinė akademija buvo uždaryta, jos pastatai perduoti Dnepro karinei flotilei. TSRS metais juose veikė Karinio jūrų laivyno politinė mokykla.

 

1992 m. akademijos pagrindu atkurtas Nacionalinis universitetas „Kijevo Mohylos akademija“. 1994 m. jis akredituotas, jo padaliniai tapo Nacionaliniais universitetais: Ostroge – Nacionalinis universitetas „Ostrogo akademija“, Mikolajive – Juodosios jūros Petro Mohilos vardo valstybinis universitetas.