Монастырь Санаин расположен в одноименном селе, на небольшом горном плато, у каньона реки Дебед, на высоте 1000 метров над уровнем моря, по другую сторону реки находится город Алаверди, дорога от которого до монастыря начинается у древнего Санаинского моста.

Точная дата основания монастыря не установлена, однако известно, что в X-XI веках число монахов здесь достигло нескольких сот человек, предполагается, что это были армянские священнослужители, изгнанные из Византии императором Романом Лакапином.

В этот период Санаин приобрел значение просветительского центра Армении, школа при его монастыре была преобразована в Академию, известную в истории Армении как Академия Григора Магистроса Пахлавуни.

Большое внимание в ней уделялось изучению гуманитарных наук, здесь преподавали выдающиеся ученые и просветители Средневековья – Теодорос, Вардан, Анания и другие, прозванные Санаинскими.