Первые следы пребывания человека в районе озера Ван известны со времён палеолита. С неолитических времён племена, живущие в районе озера, уже занимались выплавкой металлов. Первым государством в районе озера Ван, по-видимому, было Урарту, существовавшее здесь с XI по VI века до н. э. На берегу озера, на месте современного города Ван в этот период находилась столица Урарту, город Тушпа. Семидесятикилометровый канал, построенный урартским правителем Менуа в VIII веке до н. э. для снабжения Тушпы пресной водой, существует до сих пор. После поражения Урарту от ассирийцев в VII веке до н. э. Урарту постепенно приходит в упадок и перестаёт существовать в VI веке до н. э. Остатки построек с надписями урартских царей Сардури I, Ишпуини, Менуа, Аргишти I сохранились в районе озера.
На смену Урарту через некоторое время приходит государство Великая Армения, «страна трёх морей» (озера Ван, озера Урмия и озера Севан). На берегах озера и на его островах сохранились памятники армянской храмовой и фортификационной архитектуры. Наиболее известный и хорошо сохранившийся памятник — церковь Святого Креста (арм. Սուրբ Խաչ), построенная в X веке нашей эры на острове Ахтамар. В 360-е гг. неподалёку от северо-западного побережье озера, в селе Хацик родился создатель армянского алфавита Месроп Маштоц.
В течение последующего исторического периода Армения временами обретала самостоятельность, а временами оказывалась последовательно под господством Парфии и Римской империи, а к XIX веку входила в состав Османской империи. В результате Первой мировой войны Османская империя начала распадаться, к власти пришло младотурецкое правительство, которое в 1915—1918 годах частично выселило, частично уничтожило армянское население региона (см. Геноцид армян). В настоящее время в районе Вана в основном проживают курды, которые возможно являются потомками хурритов, автохтонного населения региона, которое по распространённой версии составляло основу населения центральной части Урарту.
В целом история региона полна многочисленными переселениями и завоеваниями, поэтому многие исторические аспекты остаются предметом дискуссий. Кроме этого, согласно последним генетическим исследованиям курды, турки и армяне генетически очень близки.